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RNaseR来源于E.coli,通过基因工程重组表达,该酶为Mg2+依赖的3’-5’核糖核酸外切酶。其可消化所有线性RNAs底物,但不能消化环状RNA(circularRNA)、套索RNA(lariatRNA)、双链RNA、3’突出端<7nt的双链RNA。本酶可高效的去除不含二级结构的线性RNA,从而纯化获得环RNA分子,用于后续RNA-sequencing等实验。
应用
1.生物样品中环状RNA的富集
2.内含子套索序列的分析和鉴定等
3.环状RNA研究
4.可变剪接研究
注意事项
(1)在totalRNA的消化中,由于含有二级结构较多的RNA,如tRNA、rRNA、dsRNA等,RNaseR对该类底物消化活性大幅下降,此时需要延长消化时间至2h,并在1h时补加RNaseR进行消化。必要时将反应温度提高至45℃,以打开含有二级结构的RNA分子。
(2)对于含有highlystructured的RNAs,RNaseR仍然无法完全消化,HaiGene稍后将推出5’-3’的核糖核酸外切酶以解决此类问题。
(3)据其它文献报道,在含有highlystructured的RNAs,可放大反应体积至50μl,可降低二级结构的影响,从而
促进RNA的降解。
(4)高温和长时间的孵育,可能导致RNA的非酶性断裂(水分子的H+对二酯键的攻击)。因此,消化时间、反应温度均需要根据特定的实验进行优化和调整。